建筑企业专业作业承包业务的税务管理涉及到专业作业承包业务的合法性界定；施工总承包方或专业承包方直接将劳务作业部分分包给劳务公司的税务和社保处理；施工总承包方或专业承包方直接将劳务作业部分分包给班组负责人（包工头）的税务和社保处理，具体分析如下。
  （四）施工总承包方和专业承包方或专业分包方与没有注册成立个体工商户的班组负责人（包工头）签订对外劳务承包协议或专业作业承包协议（实质上是劳务分包协议）的增值税、人所得税和社保费用的处理。
    实践中，施工总承包方和专业承包方或专业分包方与没有注册成立个体工商户的班组负责人（包工头）签订对外劳务承包协议或专业作业承包协议（实质上是劳务分包协议）的情况下，没有注册成立个体工商户的班组负责人（包工头）往往独立经营，按照发包方的要求按质按量完成劳务，自负盈亏，独立承担风险。其增值税、人所得税和社保费用的处理如下。
    1、增值税的处理:班组长或包工头到经营所在税务部门代开发票给发包方进成本核算
  《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》（财政部令第65号 ）第十条 单位租赁或者承包给其他单位或者个人经营的，以承租人或者承包人为纳税人。财税[2016]36号文件附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》第二条  单位以承包、承租、挂靠方式经营的，承包人、承租人、挂靠人（以下统称承包人）以发包人、出租人、被挂靠人（以下统称发包人）名义对外经营并由发包人承担相关法律责任的，以该发包人为纳税人。否则，以承包人为纳税人。基于此规定，如果总承包方和专业承包方或专业分包方与班组负责人（包工头）签订对外劳务承包协议或专业作业承包协议（实质上是劳务分包协议）的情况下，则经营所得的增值税纳税义务人为班组负责人（包工头）。根据《增值税发票开具指南》第二节第一条第（二）项中的第4款的规定.依法不需要办理税务登记的单位和个人，临时取得收入，需要开具增值税普通发票的，可以向当地税务部门申请代开增值税普通发票。基于此规定，如果施工总承包方和专业承包方或专业分包方与没有注册成立个体工商户的班组负责人（包工头）签订对外劳务承包协议或专业作业承包协议（实质上是劳务分包协议），则班组负责人（包工头）提供的劳务专业作业服务，必须到经营所在地的税务部门代开增值税发票给发包方进行成本核算。
    2、个人所得税的处理
    根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（中华人民共和国国务院令第707号）第六条第（五）项“经营所得”中的第4款的规定，总承包方和专业承包方或专业分包方与班组负责人（包工头）签订对外劳务承包协议或专业作业承包协议（实质上是劳务分包协议）的情况下，班组负责人（包工头）获得的所得实质是属于“个人从事其他生产、经营活动取得的经营所得”， 班组负责人（包工头）自行招聘的农民工的劳动报酬构成班组负责人（包工头）的成本。
   有关班组长或包工头经营所得的个人所得税分两种情况处理：一是查账征收个人所得税；二是核定征收个人所得税。具体介绍如下。
 （1）查账征收个人所得税的具体操着要点
   第一，班组长或包工头取得经营所得的“应纳税所得额”的计算。
根据《中华人民共和国个人所得税法》第六条第（三）项的规定，以班组长（包工头）每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。同时，根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（中华人民共和国国务院令第707号）第十五条）的规定，取得经营所得的班组长（包工头），没有综合所得的，计算其每一纳税年度的应纳税所得额时，应当减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除。专项附加扣除在办理汇算清缴时减除。
   第二，班组长或包工头取得经营所得自行办理汇算清缴的时间和纳税申报地点。
   根据《中华人民共和国个人所得税法》 （中华人民共和国主席令第9号）第十二条和《国家税务总局关于个人所得税自行纳税申报有关问题的公告》（国家税务总局公告2018年第62号）第二条的规定，班组长或包工头（纳税人）取得经营所得，按年计算个人所得税，由纳税人在月度或者季度终了后十五日内向经营管理所在地主管税务机关办理预缴纳税申报，在取得所得的次年三月三十一日前，向经营管理所在地主管税务机关办理个人所得税汇算清缴。
   第三，班组长或包工头取得“经营所得”自行办理个人所得税汇算清缴的有关资料提交要求。
 《国家税务总局关于个人所得税自行纳税申报有关问题的公告》（国家税务总局公告2018年第62号）第二条：纳税人取得经营所得，按年计算个人所得税，由纳税人在月度或季度终了后15日内，向经营管理所在地主管税务机关办理预缴纳税申报，并报送《个人所得税经营所得纳税申报表（A表）》。在取得所得的次年3月31日前，向经营管理所在地主管税务机关办理汇算清缴，并报送《个人所得税经营所得纳税申报表（B表）》；从两处以上取得经营所得的，选择向其中一处经营管理所在地主管税务机关办理年度汇总申报，并报送《个人所得税经营所得纳税申报表（C表）》。
 （2）核定征收个人所得税的具体操着要点
第一，班组长或包工头（纳税人）取得经营所得，到经营所在地税务部门代开增值税发票给总承包方和专业承包方或专业分包方，税务部门按照小规模纳税人的标准征收增值税。
   第二，经营所在地的税务部门在代开发票时，会按照开发票的金额的一定比例的附征率代征个人所得税，班组长或包工头（纳税人）就不要进行个人所得税汇算清缴，注意：个人经营所得必须要进行所得税汇算清缴得的，是针对个人经营所得适用查账征收个人所税的情况。
第三，施工总承包方和专业承包方或专业分包方凭借班组长或包工头（纳税人）到经营所在地税务部门代开的增值税发票进成本，不再代扣代缴班组长或包工头（纳税人）的个人所得税了。
 
   3、社保费用的处理
   当总承包方和专业承包方或专业分包方与班组负责人（包工头）签订对外劳务承包协议或专业作业承包协议（实质上是劳务分包协议）的情况下，由于班组长和包工头没有在工商部门注册公司，根本无法进行社保登记，与发包方签订的合同实质上是劳务分包协议，不是劳动合同。因此，班组长和包工头无需为其雇佣的农民工缴纳社保费用。